خارش پوست: روغن های اسانس ممکن است موجب خارش پوست در برخی افراد شود اگر نگران حساسیت خود نسبت به روغن هستید، قبل از استفاده آن را روی قسمت های کوچک پوست امتحان کنید. اگر متوجه هرگونه قرمزی، خارش، سوزش، یا تورم شدید از آن استفاده کنید. آلرژی : برخی افراد ممکن است نسبت به روغن بابونه آلرژی داشته باشند. این احتمال وجود دارد که نسبت به گیاهان مربوط به بابونه، گل افتاب گردان، رگ وید، یا گل همیشه بهارحساسیت داشته باشید. در برخی موارد نادر، واکنش های آلرژیک شدید به نام آنافیلاکسی می تواند رخ دهد که یک وضعیت اورژانسی است و باید سریع به پزشک مراجعه کنید : دشواری در تنفس ورم گلو سرفه یا خس خس سینه تنگی قفسه سینه جوش استفراغ اسهال روغن بابونه در بارداری و شیردهی: بهتر است قبل از مصرف گیاه و روغن بابونه برای پیشگیری از احتمال هرگونه مضراتی با پزشک متخصص مشورت کنید. روغن بابونه برای مو تداخلات دارویی : بابونه ممکن است با داروهایی مثل سیکلوسپورین و وارفارین تداخل داشته باشند.